Les barrages sont à l’origine de modifications significatives du régime hydrologique, de la température de l’eau et des flux biologiques et biogéochimiques. C’est le cas des barrages de Vezins et de la Roche qui Boit, présents sur le cours principal de la Sélune, et d’autres plus petits obstacles qui fragmentent le bassin versant de la Sélune. Cette couche représente les barrages hydroélectriques de la Sélune, avec les batiments associés, en lien avec la production électrique. La géométrie de ces polygones est issue de plusieurs sources : BD Topo, OpenStreetMap (de 2019), complétée par photointerprétation. Des informations extraites du livre « Quand les rivières reprennent leur cours – Notes sur l’effacement de barrages et de seuils, sur la Sélune et ailleurs » ont été ajoutées pour décrire l'état (en service ou arasé), la nature et les caractérisques physiques de ces barrages.

Le rétablissement du continuum fluvial de la Sélune après l’arasement des barrages permettra la colonisation de l’amont du bassin anciennement inaccessible aux truites. Ainsi, le suivi des populations piscicoles amphihalines de la Sélune est réalisé sur le cours principal et ses affluents, aussi bien en amont qu’en aval des anciens barrages. Ceux-ci permettent d’appréhender la dynamique de ces populations de truites communes avant, pendant et après l’effacement des barrages. Concernant les truites, l’inventaire est réalisé en suivant le protocole VIGITRUITE®. Il s'agit d'un protocole standardisé pour estimer l’abondance des juvéniles de truite (Salmo trutta) en cours d’eau. Il s’appuie sur un échantillonnage par unité d’effort, unité fixée à 5 minutes de pêche effective, et délivre ainsi des abondances en nombre de juvéniles par 5 minutes. Des abaques pour convertir les abondances en densités sont disponibles, et un guide d’interprétation des densités, de faibles à excellentes, est proposé. Il permet de mobiliser sur le terrain un nombre réduit de personnes par rapport aux inventaires traditionnels. Le protocole s’applique en cours d’eau jusqu’à 8 m de large où la profondeur n’excède jamais 60 cm. Il a été validé sur des rivières granitiques et calcaires en Bretagne et Normandie. VIGITRUITE® cible spécifiquement les juvéniles de l’année (0+) et les juvéniles d’un an (1+). L’abondance en 0+ renseigne du remplacement des générations (ou recrutement), utile au suivi démographique des populations. L’abondance des 0+ et 1+ est aussi le reflet de la qualité de l’habitat trutticole et des atteintes ponctuelles à son intégrité (pollution, sédimentation, fragmentation notamment). C’est un outil diagnostic des populations de truite et de leurs habitats en cours d’eau. Ce protocole est appliqué en septembre des années considérées : tous les 2 ans entre 2012 et 2020 puis chaque année de 2021 à 2027. L'année 2020 est particulière à cause du COVID. Pour plus d'information concernant les condition d'acquisition, se reporter aux rapports de l'observatoire Sélune des biocénoses dont les liens sont fournis dans ce document. Ce jeu de données fournit les données d'abondances de truitelles (0+, 1+ et cumul), par station et par session de pêche.

Superposition de la délimitation des Bassins Versants de Bretagne avec l'indice de végétation NDVI découpé sur la ville de Rennes. Les Bassins Versants de l'étude CSEB résume la localisation et la délimitation de l'ensemble des bassins versants présent en Bretagne. Cette donnée est disponible en libre service sur GéoBretagne. Le NDVI calculé sur Rennes est basé sur un image Sentinel-2 récupéré sur SentinelHub.

La restauration des continuités écologiques sur la Sélune suite à l’effacement du dernier barrage va provoquer des changements majeurs sur le cours d’eau et ses berges. L’ouverture du barrage de La-Roche-Qui-Boit va impliquer des changements sur la biodiversité du cours d’eau, notamment sur les communautés piscicoles avec le retour des poissons migrateurs. Les communautés piscicoles sont inventoriées par analyse d’ADN environnemental (ADNe) sur plusieurs dizaines de stations, réparties sur le cours principal et les affluents. Le marqueur génétique utilisé (ADN mitochondrial 12S) permet de détecter la présence des espèces de migrateurs (indice de présence/absence et taux de détectabilité) tout en analysant l’évolution des communautés de poissons dans leur ensemble au cours du processus de restauration. Cette couche donne la localisation des secteurs d'étude utilisés dans le suivi des communautés piscicoles par analyse d'ADN environnemental, réalisé dans le cadre de l'Observatoire Sélune depuis 2022.

Les communautés microbiennes jouent un rôle majeur dans le fonctionnement des écosystèmes : elles sont à la base de la chaîne alimentaire (production primaire) et participent à la dégradation de la matière organique. Ces communautés sont, de plus, connues pour répondre rapidement à des changements environnementaux. Elles peuvent être utilisées comme indicateurs écologiques, à l'instar des macro-invertébrés. Les diatomées benthiques sont les organismes photosynthétiques majoritaires au sein de cette communauté biologique. L’abondance relative des différentes espèces permet de calculer un indice de qualité du milieu (IBD). Des fortes différences de communautés entre les zones amont et aval ont été constatés quand les barrages étant en place. Elles seront amenées à évoluer après l’effacement de ces barrages. Dans le cadre de l'observatoire Sélune ont été disposées des stations pilotes le long du cours principal de la Sélune, réparties de l’amont à l’aval des barrages hydroélectriques. Trois stations se situent dans les anciennes retenues des barrages, les deux autres, dites de référence, sont hors zone d'influence des anciens barrages (l'une étant en aval et l'autre en amont). Dans ces stations, les biocénoses aquatiques (incluant macroinvertébrés benthiques, biofilms, macrophytes...) sont suivies. Depuis septembre 2014, les stations sont idéalement échantillonnées tous les mois d’Avril à Octobre (7 relevés annuels) à l'aide de substrats artificiels (lames de verre disposées dans l'eau). En plus du relevé des diatomées (liste floristique, calcul de l'IBD), la concentration en chlorophylle-a est mesurée. Lors de chaque campagne, un protocole d'échantillonnage expérimental INRAe est mis en oeuvre. Ce protocole implique des dispositifs d'immersion (1 mois) de lames de verre, une mesure in situ de concentration en chlorophylle-a via BentoTorch puis une récolte du biofilm sur ces lames de verre. Le biofilm est conditionné dans (1) dans de l'éthanol à 99.9% pour la détermination des IBDs et des listes floristiques (prestation externalisée, s'appuyant sur la norme NF T90-354) et (2) dans de l'eau minérale pour mesure de concentration de la chlorophylle-a via spectromètre. NB : l'année 2023 n'est pas couverte en matière de mesure de concentration en chlorophylle-a via Spectrométrie suite à un problème de conservation basse température des échantillons. Ce jeu de données propose les mesures de concentration moyenne journalière de chlorophylle-a et de phéopigment en µg/cm2/jour