Les communautés microbiennes jouent un rôle majeur dans le fonctionnement des écosystèmes : elles sont à la base de la chaîne alimentaire (production primaire) et participent à la dégradation de la matière organique. Ces communautés sont, de plus, connues pour répondre rapidement à des changements environnementaux. Elles peuvent être utilisées comme indicateurs écologiques, à l'instar des macro-invertébrés. Les diatomées benthiques sont les organismes photosynthétiques majoritaires au sein de cette communauté biologique. L’abondance relative des différentes espèces permet de calculer un indice de qualité du milieu (IBD). Des fortes différences de communautés entre les zones amont et aval ont été constatés quand les barrages étant en place. Elles seront amenées à évoluer après l’effacement de ces barrages. Dans le cadre de l'observatoire Sélune ont été disposées des stations pilotes le long du cours principal de la Sélune, réparties de l’amont à l’aval des barrages hydroélectriques. Trois stations se situent dans les anciennes retenues des barrages, les deux autres, dites de référence, sont hors zone d'influence des anciens barrages (l'une étant en aval et l'autre en amont). Dans ces stations, les biocénoses aquatiques (incluant macroinvertébrés benthiques, biofilms, macrophytes...) sont suivies. Depuis septembre 2014, les stations sont idéalement échantillonnées tous les mois d’Avril à Octobre (7 relevés annuels) à l'aide de substrats artificiels (lames de verre disposées dans l'eau). En plus du relevé des diatomées (liste floristique, calcul de l'IBD), la concentration en chlorophylle-a est mesurée. Lors de chaque campagne, un protocole d'échantillonnage expérimental INRAe est mis en oeuvre. Ce protocole implique des dispositifs d'immersion (1 mois) de lames de verre, une mesure in situ de concentration en chlorophylle-a via BentoTorch puis une récolte du biofilm sur ces lames de verre. Le biofilm est conditionné dans (1) dans de l'éthanol à 99.9% pour la détermination des IBDs et des listes floristiques (prestation externalisée, s'appuyant sur la norme NF T90-354) et (2) dans de l'eau minérale pour mesure de concentration de la chlorophylle-a via spectromètre. La détermination des taxons s'appuie sur la version v17 de la référence TAXREF. Le jeu de données est actuellement sous embargo.

Ce projet étudie les traits d’histoire de vie de l’anguille et du flet, deux espèces migratrices qui vivent en rivière et se reproduisent en mer, avant la remise en continuité de la Sélune, afin d’anticiper ses effets par la suite. Données : - Captures d'individus d'anguilles et de flets (réalisées au moins pour dans le cadre de l'Observatoire, pour les anguilles) - Taux de graisse fat meter et extraction au chloroforme ; - Taux d’énergie (bombe calorimétrique sur les tissus musculaires) - Position et niche trophique - Age et taux de croissance - Profil de migration et d’utilisation du bassin - Prévalence et abondance des métazoaires parasites (de façon globale et pour chaque espèce de parasite), diversité des communautés parasitaires - Diversité et état du microbiome intestinal déterminés Sites : 6 sites au total : Sélune (Pêcherie + Roche qui Boit), Oir, Beuvron, Sée, Couesnon, Marais de Dol - Anguilles : 5 sites (Sélune Pêcherie + Roche qui Boit, Oir, Beuvron, Sée) - Flets : 4 sites (Sélune, Sée, Couesnon et Marais de Dol)

L’effacement des barrages de la Sélune fait l’objet d’un programme scientifique initié en 2012 dans lequel des paramètres environnementaux sont suivis afin de fournir un réel retour d’expérience sur cette opération de restauration. En 2019 s’est mis en place un observatoire de données, chargé d’assurer la collecte et le traitement de ces paramètres (biotiques et abiotiques). Les données acquises à partir de 2012 et au moins jusqu’en 2027, seront centralisées grâce à un système d’information (SI), appelé SISelune. SISelune vise à aider les scientifiques associés au programme Sélune et à rendre les données accessibles à tous. Les cours d'eau sont des entités hydrographique linéaires, liés à un toponyme principal, et décomposés en tronçons hydrographiques. Ces cours d'eau sont extraits de la BD Topage sur l'emprise de la zone d'étude. Des codes, utilisables dans le cadre du programme Sélune ont été ajoutés, ainsi que les codes issus de l'ancien référentiel hydrographique (BD Carthage).

Les communautés microbiennes jouent un rôle majeur dans le fonctionnement des écosystèmes : elles sont à la base de la chaîne alimentaire (production primaire) et participent à la dégradation de la matière organique. Ces communautés sont, de plus, connues pour répondre rapidement à des changements environnementaux. Elles peuvent être utilisées comme indicateurs écologiques, à l'instar des macro-invertébrés. Les diatomées benthiques sont les organismes photosynthétiques majoritaires au sein de cette communauté biologique. L’abondance relative des différentes espèces permet de calculer un indice de qualité du milieu (IBD). Des fortes différences de communautés entre les zones amont et aval ont été constatés quand les barrages étant en place. Elles seront amenées à évoluer après l’effacement de ces barrages. Dans le cadre de l'observatoire Sélune ont été disposées des stations pilotes le long du cours principal de la Sélune, réparties de l’amont à l’aval des barrages hydroélectriques. Trois stations se situent dans les anciennes retenues des barrages, les deux autres, dites de référence, sont hors zone d'influence des anciens barrages (l'une étant en aval et l'autre en amont). Dans ces stations, les biocénoses aquatiques (incluant macroinvertébrés benthiques, biofilms, macrophytes...) sont suivies. Depuis septembre 2014, les stations sont idéalement échantillonnées tous les mois d’Avril à Octobre (7 relevés annuels) à l'aide de substrats artificiels (lames de verre disposées dans l'eau). En plus du relevé des diatomées (liste floristique, calcul de l'IBD), la concentration en chlorophylle-a est mesurée. Lors de chaque campagne, un protocole d'échantillonnage expérimental INRAe est mis en oeuvre. Ce protocole implique des dispositifs d'immersion (1 mois) de lames de verre, une mesure in situ de concentration en chlorophylle-a via BentoTorch puis une récolte du biofilm sur ces lames de verre. Le biofilm est conditionné dans (1) dans de l'éthanol à 99.9% pour la détermination des IBDs et des listes floristiques (prestation externalisée, s'appuyant sur la norme NF T90-354) et (2) dans de l'eau minérale pour mesure de concentration de la chlorophylle-a via spectromètre. NB : l'année 2023 n'est pas couverte en matière de mesure de concentration en chlorophylle-a via Spectrométrie suite à un problème de conservation basse température des échantillons. Ce jeu de données propose les mesures de concentration moyenne journalière de chlorophylle-a et de phéopigment en µg/cm2/jour

Les macrophytes sont un ensemble de plantes aquatiques. Elles se situent à la base de la chaine alimentaire et peuvent fournir un habitat à de nombreuses autres espèces. Dans le cadre de l'observatoire Sélune ont été disposées des stations pilotes le long du cours principal de la Sélune, réparties de l’amont à l’aval des barrages hydroélectriques. Trois stations se situent dans les anciennes retenues des barrages, les deux autres, dites de référence, sont hors zone d'influence des anciens barrages (l'une étant en aval et l'autre en amont). Dans ces stations, les biocénoses aquatiques (incluant macroinvertébrés benthiques, biofilms, macrophytes...) sont suivies. Les paramètres suivis sont la composition spécifique et le recouvrement, sur 8 stations du cours principal situées à l’amont, à l’aval et sur les zones néo-lotiques des communautés de macrophytes. La fréquence du suivi consiste en une campagne annuelle pour les stations hors retenues (S0, S1 et S5) et deux campagnes annuelles (printemps/automne) pour les stations néo-lotiques (S2, S3.4, S4.1 et S6). Le protocole mis en œuvre est le protocole d’échantillonnage des macrophytes et bryophytes suivant la norme NF T90-395 (octobre 2003) qui définit l’IBMR. Les taxa sont prélevés pour être identifiés en laboratoire. Cette couche donne la localisation des secteurs d'étude utilisés dans le suivi des macrophytes ainsi que les campagnes réalisées et la mésologie identifiée sur ces différentes campagne.

Les communautés microbiennes jouent un rôle majeur dans le fonctionnement des écosystèmes : elles sont à la base de la chaîne alimentaire (production primaire) et participent à la dégradation de la matière organique. Ces communautés sont, de plus, connues pour répondre rapidement à des changements environnementaux. Elles peuvent être utilisées comme indicateurs écologiques, à l'instar des macro-invertébrés. Les diatomées benthiques sont les organismes photosynthétiques majoritaires au sein de cette communauté biologique. L’abondance relative des différentes espèces permet de calculer un indice de qualité du milieu (IBD). Des fortes différences de communautés entre les zones amont et aval ont été constatés quand les barrages étant en place. Elles seront amenées à évoluer après l’effacement de ces barrages. Dans le cadre de l'observatoire Sélune ont été disposées des stations pilotes le long du cours principal de la Sélune, réparties de l’amont à l’aval des barrages hydroélectriques. Trois stations se situent dans les anciennes retenues des barrages, les deux autres, dites de référence, sont hors zone d'influence des anciens barrages (l'une étant en aval et l'autre en amont). Dans ces stations, les biocénoses aquatiques (incluant macroinvertébrés benthiques, biofilms, macrophytes...) sont suivies. Depuis septembre 2014, les stations sont idéalement échantillonnées tous les mois d’Avril à Octobre (7 relevés annuels) à l'aide de substrats artificiels (lames de verre disposées dans l'eau). En plus du relevé des diatomées (liste floristique, calcul de l'IBD), la concentration en chlorophylle-a est mesurée. Cette couche donne la localisation des secteurs d'étude utilisés dans le suivi des biofilms photosynthétiques ainsi que les campagnes réalisées.

En quelques mots :  Le projet sur les réseaux trophiques s’intéresse aux biocénoses aquatiques présentes sur la Sélune dans une approche large, allant des microorganismes aux poissons, dans les affluents et le fleuve lui-même, de sa source à l’entrée dans l’estuaire. La démarche vise à étudier les interactions entre ces composantes biologiques, avec pour objectif principal d'étudier le fonctionnement général de l’écosystème. Il s'agit de comprendre les équilibres dans les écosystèmes aquatiques, des têtes de bassin versant jusqu’à l’aval du fleuve, avant (état des lieux) et après (restauration du fleuve) remise en continuité par arasement des barrages. Objectif, répondre aux questions : · Quel rôle jouent les barrages et leurs lacs dans l’organisation des biocénoses aquatiques dans le fleuve, et dans le fonctionnement de cet écosystème ? · Comment l’écosystème rivière se restaure-t-il à l’emplacement précis d’un lac de barrage après vidange ? · Quels rôles ont certaines espèces clés (notamment les poissons amphihalins et les espèces invasives) dans les équilibres écologiques ? · Quelles conséquences peut-on attendre des opérations de démantèlement de barrages, des têtes de bassin versant à l’entrée de l’estuaire, sur ces biocénoses et le fonctionnement de l’écosystème fleuve reconnecté à l’océan ? Méthodes : inventaires ; caractérisation physico-chimique ; analyse fonctionnelle des écosystèmes ; analyses par isotopes stables ; analyse des réseaux trophiques Données : - Mesures de la qualité physicochimique de l’eau - Inventaires des communautés - estimation de (1) la dégradation de la matière organique grossière (litière de feuilles d’arbre) par la voie détritique, et (2) l’activité photosynthétique des microorganismes et des biofilms de la voie algale. - Données issues d'analyses isotopiques sur les communautés - Identification des sources d'énergie (alimentaires, cycle du Carbone) dans les réseaux trophiques - Rôle des espèces clé (écrevisses invasives et prédateurs poisson), - Analyse de la structure des réseaux trophiques

Ce projet évalue l’impact de la restauration de la connectivité entre populations de poissons suite à l’effacement des barrages de la Sélune. Il se base sur le calcul d’un indice de fragmentation génétique sur 5 espèces de poissons. Données : - Analyse génétique et F-index

Ce projet compare la mise en place, l’acceptation et le déroulement de projets d’effacements de barrages en France, avec l’exemple de la Sélune, et aux Etats-Unis, où plusieurs cas d’effacements similaires se sont déroulés.

En quelques mots :  Ce projet de recherche porte sur les dimensions sociales et géographiques de l'opération de restauration écologique de la Sélune. Il a pour objectif de dresser un état des paysages, des usages et des pratiques à l’œuvre dans la vallée de la Sélune (et plus spécialement dans la section en gorges) avant effacement des barrages, puis de suivre les modifications induites par l’opération d’effacement : état des transformations matérielles (occupation du sol, usages, fréquentation) mais aussi idéelles (représentations, discours) du territoire afin de mesurer les impacts de cette opération et d’en mesurer ainsi la réussite du point de vue des usagers (qualité du cadre de vie, projet de territoire, pratiques, ...) appréhender, à partir de l’exemple de la Sélune, les difficultés d’acceptation et d’appropriation d’un tel projet par les différents acteurs locaux ainsi que les enjeux liés à sa définition et à son accompagnement. Méthodes utilisées : enquêtes, questionnaires, analyse de la presse locale, photographie Données : - Jeu de clichés (~40) sur l'ensemble de la vallée de la Sélune pour suivre l'évolution du paysage - Photographies historiques et cartes postales. Les prises de vues seront renseignées et localisées - Inventaire des usages (pêche, loisirs, hébergement, ...), analyse de la fréquentation des gorges et cartographies - entretiens semi-directifs seront conduits auprès des acteurs représentatifs des groupes d’usagers (pour renseigner leur opinion) - analyse textuelle (logiciel Alceste ou WordMapper) des entretiens retranscrits - Collecte des avis des habitants et évaluation de leur satisfaction face au projet - Corpus des articles publiés dans la presse quotidienne régionale, afin de de suivre l’historique des réactions - Collecte des informations diffusées via d’autres supports médiatiques tels que les blogs, forums et sites Internet, par plusieurs groupes d’acteurs, en particulier les pêcheurs, les défenseurs de la nature et les opposants à l’arasement - Codification des corpus suivie d'une analyse lexicographique et sémantique grâce à la plateforme TXM