Le rétablissement du continuum fluvial de la Sélune après l’arasement des barrages permettra la colonisation de l’amont du bassin anciennement inaccessible aux anguilles. Avant l'arasement, deux affluents principaux étaient utilisés par les poissons amphihalins pour leur reproduction, en plus du cours principal : le Beuvron et l'Oir. La population d’anguilles de la Sélune a été suivie en phase pré-arasement par des campagnes d’indice d’abondance effectuées en 2013, 2015, 2019 sur un réseau de stations couvrant l’ensemble du réseau hydrographique de la Sélune. Depuis 2021, ce réseau de station a évolué pour suivre l'évolution sur la partie du bassin versant accessible suite au démantèlement des 2 barrages. Ces données permettent d’estimer l’évolution de l’abondance des anguilles le long de la Sélune et de ses affluents et leur structuration en taille avant et après la destruction des barrages. L’inventaire est réalisé début septembre, une année sur deux entre 2013 et 2019, puis tous les ans depuis, à l'aide d'un dispositif de pêche électrique et d'épuisettes. Trente points de pêche de trente secondes minimum sont réalisés. Une station de pêche comprend environ 100 mètres de linéaire de cours d’eau. Toutes les anguilles pêchées sont anesthésiées et font l’objet de mesures biométriques (poids, longueur, diamètre oculaire horizontal, vertical, détermination du stade jaune ou argentée). L’ensemble des anguilles est relâché directement sur le site de pêche. Deux protocoles différents mis en œuvre : Indice d’Abondance Anguille (Pottier et Chapon, 2022) sur 23 stations et pêches par épuisement sur 8 autres stations (IAA01 à IAA08) sur le cours d’eau de l’Oir et certains de ses affluents selon un protocole interne. Cette couche fournit les abondances aux stations et ce par session de pêche.

La restauration des continuités écologiques sur la Sélune suite à l’effacement du dernier barrage va provoquer des changements majeurs sur le cours d’eau et ses berges. L’ouverture du barrage de La-Roche-Qui-Boit va impliquer des changements sur la biodiversité du cours d’eau, notamment sur les communautés piscicoles avec le retour des poissons migrateurs. Les communautés piscicoles sont inventoriées par analyse d’ADN environnemental (ADNe) sur plusieurs dizaines de stations, réparties sur le cours principal et les affluents. Le marqueur génétique utilisé (ADN mitochondrial 12S) permet de détecter la présence des espèces de migrateurs (indice de présence/absence et taux de détectabilité) tout en analysant l’évolution des communautés de poissons dans leur ensemble au cours du processus de restauration. Cette couche donne la localisation des secteurs d'étude utilisés dans le suivi des communautés piscicoles par analyse d'ADN environnemental, réalisé dans le cadre de l'Observatoire Sélune depuis 2022.

En 2020 ont été mises en place des placettes scientifiques, matérialisées sur le terrain par des piquets colorés. Ces placettes ont pour objectif de faciliter le suivi scientifique, notamment de la renaturation. Ces placettes représentent des espaces privilégiés pour les scientifiques, où aucun remaniement de sédiments ou de la végétation n'est prévu jusqu'à la fin du programme Sélune.