Le cours amont de la Sélune n'est pas accessible aux poissons migrateurs du fait des deux barrages hydroélectriques. Les lamproies sont bloquées à une quinzaine de kilomètres de la mer par le premier barrage infranchissable de la Roche qui boit. La méthode utilisée pour échantillonner les lamproies est celle mise au point par Lasne et al. (2010) permettant de prélever plus efficacement les individus de très petite taille que par pêche électrique. La méthode s’appuie sur l’utilisation d’un outil dérivé du filet de Surber, permettant de prélever les ammocètes de façon standardisée. Cette enceinte permet de réaliser des prélèvements ponctuels, à la manière des EPA. La réalisation d’un point de prélèvement se déroule en plusieurs étapes. Après avoir localisé un microhabitat favorable, une caisse est enfouie dans le substrat jusqu’à une profondeur d’environ 15 cm. L’opérateur prélève alors le substrat et le dépose dans le filet. La colonne d’eau dans la caisse est filtrée et les sédiments dans le filet déposés sur un tamis afin de récupérer toutes les ammocètes. Ces dernières sont mesurées et des prélèvements génétiques sont effectués lorsque leur taille le permet. Un total de 30 prélèvements maximum est effectué par station. Ce tableau contient les données individuelles sur les lamproies capturées

Un obstacle à l’écoulement est un ouvrage lié à l’eau qui est à l’origine d’une modification de l’écoulement des eaux de surface (dans les talwegs, lits mineurs et majeurs de cours d'eau et zones de submersion marine). Seuls les obstacles artificiels (provenant de l’activité humaine) sont pris en compte. Les données présentées sont issues de la couche de données ObstEcoul_FXX publiée par le SANDRE restreintes spatialement à l'emprise du bassin versant de la Sélune. Les données récupérées ont été mises à jour le 30/07/2024 à partir du flux mentionné ci-dessus et retraités pour compléter le type de l'obstacle avec un champs "nature" de l'obstacle représentant une aggrégation des types identifiés sur les valeurs suivantes : "Barrage", "Buse", "Digue", "Pont", "Seuil" et "Non renseigné". L'aggrégation mise en place pour renseigner le champ "nature" est la suivante : 1/ récupération des types d'obstacles présents sur le bassin versant (champ de la donnée source "CdTypeOuvr"). 2/ récupération des libellés associés dans la référence SANDRE : https://api.sandre.eaufrance.fr/referentiels/v1/nsa/284.csv?outputSchema=SANDREv3.1 3/ Filtre sur ces libellés pour renseigner le nouveau champ "nature" : - si le libellé contient "barrage" alors "nature" est initialisé à "Barrage" - si le libellé contient "buse" alors "nature" est initialisé à "Buse" - si le libellé contient "digue" alors "nature" est initialisé à "Digue" - si le libellé contient "pont" alors "nature" est initialisé à "Pont" - si le libellé contient "seuil" alors "nature" est initialisé à "Seuil" - si le libellé contient "non renseigné" (initialement code vide) alors "nature" est initialisé à "Non renseigné" Les autres champs proposés le jeu de données sont issus du flux SANDRE original mais renommés. La correspondance est fournie dans le dictionnaire de données associé.

L’écrevisse invasive Pacifastacus leniusculus, également appelée écrevisse de Californie ou Signal est présente sur le bassin de la Sélune depuis plusieurs années mais cantonnée à l’amont par les retenues d’eau des barrages. Son habitat potentiel va être considérablement étendu du fait de la renaturation de la vallée de la Sélune. L’objectif de ce suivi est de décrire si, et à quelle vitesse les Pacifastacus colonisent l’aval de la Sélune au fur et à mesure de son retour à un état lotique ("rivière courante"), et si de là elles colonisent les affluents auparavant inaccessibles car débouchant directement dans les retenues d’eau. Le suivi est réalisé à travers deux campagnes annuelles de suivi, au printemps et à l’automne. La présence de Pacifastacus est recherchée par piégeage via l’Indice d’Abondance Ecrevisse IAE. L’IAE est réalisé sur les stations les plus sensibles du front de colonisation et consiste à poser 15 nasses non appâtées durant 24 heures, installées tous les 10 mètres au minimum. Les Pacifastacus capturées sont comptées, sexées et conservées entières au congélateur pour mesures biométriques ultérieures en laboratoire.

Les barrages sont à l’origine de modifications significatives du régime hydrologique, de la température de l’eau et des flux biologiques et biogéochimiques. C’est le cas des barrages de Vezins et de la Roche qui Boit, présents sur le cours principal de la Sélune qui ont eu pour conséquence, l'existence de deux lacs de retenue entre 1919 et 2022 pour La Roche qui Boit et entre 1932 et 2019 pour Vezins. A compter de la fin de la dernière vidange du barrage de La Roche qui Boit, fin 2022, ces deux lacs n'ont donc plus d'existence dans le paysage de la vallée. Cette couche représente les deux lacs de retenues, tel qu'ils étaient référencés en 2017, soit avant le début des travaux de démantèlement des deux barrages hydroélectriques de la Sélune. Parmi les données attibutaires associées à ces deux entités, la longueur est issue d'un calcul réalisé par l'équipe du projet Sélune sur la base du référentiel de points établis sur la totalité du bassin versant (et donc sur la totalité du cours de la Sélune) et leur connaissance des zones d'influences lacs / cours naturel.

Le rétablissement du continuum fluvial de la Sélune après l’arasement des barrages permettra la colonisation de l’amont du bassin anciennement inaccessible aux anguilles. Avant l'arasement, deux affluents principaux étaient utilisés par les poissons amphihalins pour leur reproduction, en plus du cours principal : le Beuvron et l'Oir. La population d’anguille de la Sélune a été suivie en phase pré-arasement par des campagnes d’indice d’abondance effectuées en 2013, 2015, 2019, 2021 et 2023 sur un réseau de stations couvrant l’ensemble du réseau hydrographique de la Sélune. Ces données permettent d’estimer l’évolution de l’abondance des anguilles le long de la Sélune et de ses affluents et leur structuration en taille avant et après la destruction des barrages. L’inventaire est réalisé début septembre, une année sur deux, à l'aide d'un dispositif de pêche électrique et d'épuisettes. Trente points de pêche de trente secondes minimum sont réalisés. Une station de pêche comprend environ 100 mètres de linéaire de cours d’eau. Toutes les anguilles pêchées sont anesthésiées et font l’objet de mesures biométriques (poids, longueur, diamètre oculaire horizontal, vertical, détermination du stade jaune ou argentée). L’ensemble des anguilles est relâché directement sur le site de pêche. Cette couche contient les données individuelles sur les anguilles capturées.