Les flux hydrologiques, sédimentaires fins et grossiers, et chimiques sont fortement impactés par la présence des barrages, alors que ces paramètres jouent un rôle majeur sur la qualité des habitats pour les communautés aquatiques. leur suivi sur le long terme est primordial dans le cadre d’une opération de restauration écologique après effacement de barrages. De plus sur la Sélune, le démantèlement s’accompagne d’une gestion spécifique des sédiments pour éviter un transfert massif de sédiments vers l’aval. Le transport des sédiments grossiers est étudié à l’aide de galets marqués par des transpondeurs passifs (pit tags). Ces pit tags ont été introduits dans plusieurs centaines de galets de différentes tailles du fleuve. Leurs déplacements au cours du cycle hydrologique sont suivis à l’aide d’une antenne que l’on déplace manuellement en parcourant la rivière, à raison d’une campagne par an. Cette couche donne les localisations des secteurs d'étude utilisés dans le suivi du transport des sédiments grossiers.

En quelques mots :  Le projet sur les réseaux trophiques s’intéresse aux biocénoses aquatiques présentes sur la Sélune dans une approche large, allant des microorganismes aux poissons, dans les affluents et le fleuve lui-même, de sa source à l’entrée dans l’estuaire. La démarche vise à étudier les interactions entre ces composantes biologiques, avec pour objectif principal d'étudier le fonctionnement général de l’écosystème. Il s'agit de comprendre les équilibres dans les écosystèmes aquatiques, des têtes de bassin versant jusqu’à l’aval du fleuve, avant (état des lieux) et après (restauration du fleuve) remise en continuité par arasement des barrages. Objectif, répondre aux questions : · Quel rôle jouent les barrages et leurs lacs dans l’organisation des biocénoses aquatiques dans le fleuve, et dans le fonctionnement de cet écosystème ? · Comment l’écosystème rivière se restaure-t-il à l’emplacement précis d’un lac de barrage après vidange ? · Quels rôles ont certaines espèces clés (notamment les poissons amphihalins et les espèces invasives) dans les équilibres écologiques ? · Quelles conséquences peut-on attendre des opérations de démantèlement de barrages, des têtes de bassin versant à l’entrée de l’estuaire, sur ces biocénoses et le fonctionnement de l’écosystème fleuve reconnecté à l’océan ? Méthodes : inventaires ; caractérisation physico-chimique ; analyse fonctionnelle des écosystèmes ; analyses par isotopes stables ; analyse des réseaux trophiques Données : Mesures de la qualité physicochimique de l’eau Inventaires des communautés estimation de (1) la dégradation de la matière organique grossière (litière de feuilles d’arbre) par la voie détritique, et (2) l’activité photosynthétique des microorganismes et des biofilms de la voie algale. Données issues d'analyses isotopiques sur les communautés Identification des sources d'énergie (alimentaires, cycle du Carbone) dans les réseaux trophiques Rôle des espèces clé (écrevisses invasives et prédateurs poisson), Analyse de la structure des réseaux trophiques

L’effacement des barrages de la Sélune fait l’objet d’un programme scientifique initié en 2012 dans lequel des paramètres environnementaux sont suivis afin de fournir un réel retour d’expérience sur cette opération de restauration. En 2019 s’est mis en place un observatoire de données, chargé d’assurer la collecte et le traitement de ces paramètres (biotiques et abiotiques). Avec l’arasement du barrage de La Roche Qui Boit (LRQB), il est vraisemblable que les sables, qui sont actuellement stoppés par le barrage, poursuivront leur transit vers l’aval. Afin de quantifier le mode de transit des sables nous allons suivre la granulométrie et la progression des sables à l’aval de LRQB à différents endroits. Des pièges à sédiment sont positionnés pour analyser l’évolution des tailles des sables suivant la distance au barrage de LRQB. L’objectif de ces pièges est de suivre l’évolution de la granulométrie charriée par le cours d’eau, et de rendre compte d’une possible évolution granulométrique des sédiments, avec l’apparition de sables transportés à l’aval des barrages. Ces dispositifs ne consistent pas à quantifier les flux sédimentaires avec plus de précision. Cette couche donne la localisation des secteurs d'étude utilisés dans le suivi du transport des sables, réalisé dans le cadre de l'Observatoire Sélune.

Un barrage bloque le passage de nombreuses espèces de poissons migrateurs, mais certaines pas totalement. L’effet de fragmentation sur la diversité génétique des espèces qui en résulte va dépendre de l’ancienneté du barrage et de la taille efficace de la population de l’espèce considérée. Pour quantifier cet effet de manière standardisée, un nouvel indice de différenciation génétique, nommé 'F Index' pour 'Fragmentation index' a été récemment proposé (Prunier et al., 2020). Ce 'F Index' va être calculé pour 5 espèces de poissons (goujon, vairon, chevesne, chabot et loche franche) échantillonnées sur la Sélune en amont et en aval des barrages de Vezins et La Roche-qui-Boit, et ce avant et après l’effacement des barrages. Les résultats devraient aider à mesurer l’effet de restauration de la connectivité entre populations, la vitesse de cet effet, et aussi de le comparer entre espèces. Cette couche donne la localisation des secteurs d'étude utilisés dans le cadre du projet de recherche "Mesure de la restauration de la connectivité entre populations de poissons suite à l’arasement des barrages de la Sélune", dit "F Index".

L’effacement des barrages de la Sélune a pour objectif de restaurer les écosystèmes aquatiques dans le bassin versant et les populations animales et végétales aquatiques. Une des conditions du succès de l’opération est la réapparition de formes fluviales diversifiées et d’habitats aquatiques diversifiés. Idéalement, le cours d’eau reprendrait son tracé et sa dynamique initiale. Cependant, la nécessaire gestion des sédiments a impliqué des interventions humaines de degrés variables selon les secteurs, avec des conséquences probables sur la morphologie du cours d’eau (sinuosité, géométrie) et sur la nature du substrat du lit (granulométrie). La lamproie marine et le saumon, candidats à la recolonisation, façonnent le substrat des cours d’eau en construisant des nids où ils déposent et recouvrent leurs œufs. Cette activité peut significativement et durablement modifier la répartition des sédiments dans les zones de reproduction et augmenter la complexité des habitats aquatiques. Le projet « rôle des espèces ingénieures dans la restauration des habitats » étudie l’influence de ces deux espèces de poissons migrateurs sur la mobilité des sédiments et la morphologie du cours d’eau dans leurs zones de reproduction. Comprendre le rôle de ces espèces est important pour suivre la restauration de la vallée de la Sélune après sa remise en continuité et le retour des grands migrateurs. Cette couche donne la localisation des secteurs d'étude utilisés dans le cadre du projet de recherche "Espèces ingénieures" ("rôles des espèces ingénieures dans la restauration des habitats").

En quelques mots : La remise en continuité des milieux aquatiques continentaux est une des mesures-phares de la Directive Cadre sur l’Eau, et doit s’opérer soit par des réaménagements des obstacles existants, soit par des arasements. Cette seconde solution a été choisie pour la Sélune, dans le cadre d’une opération qui fait l’objet d’un suivi scientifique. Celui-ci a pour objectif, dans le cadre du suivi des biocénoses, de nous aider à comprendre les conséquences de cet arasement sur les espèces migratrices et invasives. L'effacement des barrages et la remise en continuité du fleuve peuvent avoir des conséquences aussi bien positives que négatives. Objectifs Ce projet a pour but d'apporter des réponses aux questions inter-connectées suivantes : quelles sont les espèces qui profitent de l'effacementt des barrages pour (re)coloniser la Sélune et ses affluents ? quelles sont les conséquences de la remise en continuité sur la distribution des espèces et leur structure démo-génétique à l'échelle du bassin versant ? quelles sont les conséquences de la dynamique de (re)colonisation sur les traits des espèces concernées ? Méthodes : pêches scientifiques ; suivi par caméra hydro-acoustique ; analyse ADNe ; analyse démographique Données - Pêches truites (IAT) - Pêche anguilles (IAA) - Pêche lamproies (IAL) - Pêche toutes espèces (PTE) - Pêche écrevisses (IAE) - Identification des saumons atlantiques en montaison - Prélèvements d'otolithes sur des tacons - Comptages de frayères de lamproies et de saumons - Inventaires des communautés de plantes aquatiques - Détection d'écrevisses

En quelques mots :  Ce projet de recherche porte sur les dimensions sociales et géographiques de l'opération de restauration écologique de la Sélune. Il a pour objectif de dresser un état des paysages, des usages et des pratiques à l’œuvre dans la vallée de la Sélune (et plus spécialement dans la section en gorges) avant effacement des barrages, puis de suivre les modifications induites par l’opération d’effacement : état des transformations matérielles (occupation du sol, usages, fréquentation) mais aussi idéelles (représentations, discours) du territoire afin de mesurer les impacts de cette opération et d’en mesurer ainsi la réussite du point de vue des usagers (qualité du cadre de vie, projet de territoire, pratiques, ...) appréhender, à partir de l’exemple de la Sélune, les difficultés d’acceptation et d’appropriation d’un tel projet par les différents acteurs locaux ainsi que les enjeux liés à sa définition et à son accompagnement. Méthodes utilisées : enquêtes, questionnaires, analyse de la presse locale, photographie Données : - Jeu de clichés (~40) sur l'ensemble de la vallée de la Sélune pour suivre l'évolution du paysage - Photographies historiques et cartes postales. Les prises de vues seront renseignées et localisées - Inventaire des usages (pêche, loisirs, hébergement, ...), analyse de la fréquentation des gorges et cartographies - entretiens semi-directifs seront conduits auprès des acteurs représentatifs des groupes d’usagers (pour renseigner leur opinion) - analyse textuelle (logiciel Alceste ou WordMapper) des entretiens retranscrits - Collecte des avis des habitants et évaluation de leur satisfaction face au projet - Corpus des articles publiés dans la presse quotidienne régionale, afin de de suivre l’historique des réactions - Collecte des informations diffusées via d’autres supports médiatiques tels que les blogs, forums et sites Internet, par plusieurs groupes d’acteurs, en particulier les pêcheurs, les défenseurs de la nature et les opposants à l’arasement - Codification des corpus suivie d'une analyse lexicographique et sémantique grâce à la plateforme TXM

En quelques mots :  Le projet Biomonitoring "Effet des arasements sur les communautés animales et végétales de la Sélune" a pour principal objectif de réaliser un état de référence de la qualité biologique de la Sélune à l’amont et à l’aval des deux barrages ainsi que dans les retenues. Il vise également à identifier les risques (exposition aigüe) pendant les travaux de fixation des boues contaminées de l’Yvrande. Objectifs Répondre aux questions : Comment l'écosystème lotique se restaure-t-il après disparition d'un lac de barrage, et quels nouveaux équilibres écologiques en résultent ? Quels seront les effets des travaux d'arasement sur la qualité des milieux et leurs conséquences sur les biocénoses qui s'y développent ? Méthodes : IBMR ; IBGN ; IBD ; suivi des biofilms ; caractérisation physico-chimique Données :  Suivi des conditions physico-chimiques (t°c, conductivité, pH...) Concentration en nitrates, silicates, azote et phosphore total Suivi des communautés d’invertébrés Suivi des communautés de phyto- et zoo-plancton, et mesure de la biomasse de phytoplancton Suivi du biofilm (2015 à 2017) Suivi des plantes aquatiques (1996) Relevés floristique des plantes aquatiques (2015, 2017)

Ce projet a pour ambition de mettre au point et d’appliquer une méthode non invasive de suivi des flux de poissons migrateurs dans la Sélune. Le développement de cette méthode repose sur l’analyse d’images et vidéos prises par une caméra hydroacoustique positionnée dans le cours d’eau.