Les macrophytes sont un ensemble de plantes aquatiques. Elles se situent à la base de la chaine alimentaire et peuvent fournir un habitat à de nombreuses autres espèces. Dans le cadre de l'observatoire Sélune ont été disposées des stations pilotes le long du cours principal de la Sélune, réparties de l’amont à l’aval des barrages hydroélectriques. Trois stations se situent dans les anciennes retenues des barrages, les deux autres, dites de référence, sont hors zone d'influence des anciens barrages (l'une étant en aval et l'autre en amont). Dans ces stations, les biocénoses aquatiques (incluant macroinvertébrés benthiques, biofilms, macrophytes...) sont suivies. Les paramètres suivis sont la composition spécifique et le recouvrement, sur 8 stations du cours principal situées à l’amont, à l’aval et sur les zones néo-lotiques des communautés de macrophytes. La fréquence du suivi consiste en une campagne annuelle pour les stations hors retenues (S0, S1 et S5) et deux campagnes annuelles (printemps/automne) pour les stations néo-lotiques (S2, S3.4, S4.1 et S6). Le protocole mis en œuvre est le protocole d’échantillonnage des macrophytes et bryophytes suivant la norme NF T90-395 (octobre 2003) qui définit l’IBMR. Les taxa sont prélevés pour être identifiés en laboratoire. Cette couche donne la localisation des secteurs d'étude utilisés dans le suivi des macrophytes ainsi que les campagnes réalisées et la mésologie identifiée sur ces différentes campagne.

Les communautés microbiennes jouent un rôle majeur dans le fonctionnement des écosystèmes : elles sont à la base de la chaîne alimentaire (production primaire) et participent à la dégradation de la matière organique. Ces communautés sont, de plus, connues pour répondre rapidement à des changements environnementaux. Elles peuvent être utilisées comme indicateurs écologiques, à l'instar des macro-invertébrés. Les diatomées benthiques sont les organismes photosynthétiques majoritaires au sein de cette communauté biologique. L’abondance relative des différentes espèces permet de calculer un indice de qualité du milieu (IBD). Des fortes différences de communautés entre les zones amont et aval ont été constatés quand les barrages étant en place. Elles seront amenées à évoluer après l’effacement de ces barrages. Dans le cadre de l'observatoire Sélune ont été disposées des stations pilotes le long du cours principal de la Sélune, réparties de l’amont à l’aval des barrages hydroélectriques. Trois stations se situent dans les anciennes retenues des barrages, les deux autres, dites de référence, sont hors zone d'influence des anciens barrages (l'une étant en aval et l'autre en amont). Dans ces stations, les biocénoses aquatiques (incluant macroinvertébrés benthiques, biofilms, macrophytes...) sont suivies. Depuis septembre 2014, les stations sont idéalement échantillonnées tous les mois d’Avril à Octobre (7 relevés annuels) à l'aide de substrats artificiels (lames de verre disposées dans l'eau). En plus du relevé des diatomées (liste floristique, calcul de l'IBD), la concentration en chlorophylle-a est mesurée. Cette couche donne la localisation des secteurs d'étude utilisés dans le suivi des biofilms photosynthétiques ainsi que les campagnes réalisées.

Les frayères de lamproie marine Petromyzon marinus sont localisées dans le cadre de l'Observatoire Sélune. Cette espèce étant migratrice, sa colonisation de la Sélune et de ses affluents sera probablement influencée par l'effacement des barrages de la Sélune. Les frayères se caractérisent par une dépression accompagnée d’un dôme d’éjection sédimentaire immédiatement en aval. Les pierres retournées sur le dôme sont plus claires ce qui rend les nids facilement visibles et identifiables jusqu’à plusieurs semaines après le frai.

Les macro invertébrés benthiques (insectes, crustacés, mollusques, vers) forment un important maillon de la chaine alimentaire. Le suivi de ces communautés permet une visualisation rapide d’un changement de conditions environnementales. Dans le cadre de l'observatoire Sélune ont été disposées des stations pilotes le long du cours principal de la Sélune, réparties de l’amont à l’aval des barrages hydroélectriques. Trois stations se situent dans les anciennes retenues des barrages, les deux autres, dites de référence, sont hors zone d'influence des anciens barrages (l'une étant en aval et l'autre en amont). Dans ces stations, les biocénoses aquatiques (incluant macroinvertébrés benthiques, biofilms, macrophytes...) sont suivies. Les paramètres suivis sont la composition taxonomique des communautés sur 5 stations du cours principal situées à l’amont, à l’aval et sur les nouveaux habitats lotiques. La fréquence d’échantillonnage impliquent deux campagnes annuelles d’échantillonnage (printemps et automne). Les protocoles mis en œuvre sont la pose de 4 substrats artificiels (SUBART) par station et relevé après 1 mois d’immersion ainsi que 12 prélèvements Surber par station, suivant la norme NF T 90-333 (2016), permettant le calcul de l’I2M2 suivant la norme NF T 90-388 (2020) et Mondy et al., 2012. Cette couche donne la localisation des secteurs d'étude utilisés dans le suivi des macroinvertébrés benthiques ainsi que les campagnes réalisées.

L’effacement des barrages de la Sélune fait l’objet d’un programme scientifique initié en 2012 dans lequel des paramètres environnementaux sont suivis afin de fournir un réel retour d’expérience sur cette opération de restauration. En 2019 s’est mis en place un observatoire de données, chargé d’assurer la collecte et le traitement de ces paramètres (biotiques et abiotiques). Les données acquises à partir de 2012 et au moins jusqu’en 2027, seront centralisées grâce à un système d’information (SI), appelé SISelune. SISelune vise à aider les scientifiques associés au programme Sélune et à rendre les données accessibles à tous. Le programme scientifique Sélune s'est doté d'un référentiel, composé de points. Ces points sont utilisables par tous les acteurs du programme pour désigner plus facilement n'importe quel lieu au sein de la zone d'étude. Les points sont créés le long des cours d'eau, avec une approche "Point kilométrique" (tous les 100m, en allant de l'amont vers l'aval). Chacun de ces points dispose d'un code unique, correspondant à l'association du cours d'eau (désigné par un code court) et de la distance à la source ou la confluence. Depuis 2025, chacun de ces points est également caractérisé par son positionnement sur le bassin versant (aval, amont, ...) par rapport à la zone déterminées par les anciens barrages et leurs réservoirs ainsi que leur distance à la mer sous 2 formes (LTM : Limite Transversale à la mer et LSE : Limite de Salure des eaux).

Dans le cadre de l'observatoire Sélune ont été disposées des stations pilotes le long du cours principal de la Sélune, réparties de l’amont à l’aval des barrages hydroélectriques. Trois stations se situent dans les anciennes retenues des barrages, les deux autres, dites de référence, sont hors zone d'influence des anciens barrages (l'une étant en aval et l'autre en amont). Dans ces stations, les biocénoses aquatiques (incluant macroinvertébrés benthiques, biofilms, macrophytes...) sont suivies. Sur chacune de ces stations, les macroinvertébrés benthiques (mib) sont régulièrement échantillonnés, au printemps et à l'automne, depuis septembre 2014 et en accord avec la norme NF T 90-333. Les inventaires faunistiques obtenus après détermination peuvent ainsi servir au calcul d’indices biotiques tels que l'IBG-DCE et l'I2M2. En complément, des prélèvements sont réalisés avec des substrats artificiels immergés pendant 1 mois, afin de se focaliser sur la mesure de « l’effet des barrages ». Le protocole est décrit dans : Piscart C., Moreteau, J.C., Beisel J.N. (2006). Monitoring changes in freshwater macroinvertebrate communities along a salinity gradient using artificial substrates. Environmental Monitoring and Assessment 116: 529-542. Cette couche donne les résultats obtenus pour les indices biotiques IBG-DCE et I2M2 avec les paramètres associés (diversité, variété...), ainsi que le nombre de prélèvements réalisés (colonne "effort"). Enfin, la couche contient les sorties de l'outil diagnostic relatif aux invertébrés benthiques 'ODInvertebres', qui vise à identifier les pressions anthropiques les plus probables à l'origine des altérations de la qualité écologique (6 valeurs de probabilité pour la qualité physico-chimique de l'eau et 6 autres relatives à l'hydromorphologie ou à l’utilisation de l’espace dans le bassin versant). Référence sur 'ODInvertebres' : Mondy, C. P., & Usseglio-Polatera P. Using conditional tree forests and life history traits to assess specific risks of stream degradation under multiple pressure scenario. Science of the Total Environment 461 (2013): 750–760. Le genre Baetis cité dans les listes faunistiques fait référence au genre « Baetis lato sensu » au regard de la nomenclature SANDRE (Code Sandre : 9794). Les taxons présentant l’ensemble des critères morphologiques clairement visible et caractéristique permettant l’exactitude de leur détermination et un état de conservation irréprochable sont intégrés à la collection de référence de l’Observatoire Sélune. Celle-ci est consultable sur demande (cf. point de contact).

Les communautés microbiennes jouent un rôle majeur dans le fonctionnement des écosystèmes : elles sont à la base de la chaîne alimentaire (production primaire) et participent à la dégradation de la matière organique. Ces communautés sont de plus connues pour répondre rapidement à des changements environnementaux. Elles peuvent être utilisées comme indicateurs écologiques, à l'instar des macro-invertébrés. Les diatomées benthiques sont les organismes photosynthétiques majoritaires au sein de cette communauté biologique. L’abondance relative des différentes espèces permet de calculer un indice de qualité du milieu (IBD). Des fortes différences de communautés entre les zones amont et aval ont été constatés quand les barrages étant en place. Elles seront amenées à évoluer après l’effacement de ces barrages. Dans le cadre de l'Observatoire Sélune, les stations sont échantillonnées tous les mois d’Avril à Octobre (7 relevés annuels) à l'aide de substrats artificiels (lames de verre disposées dans l'eau). En plus du relevé des diatomées (liste floristique, calcul de l'IBD), la concentration en chlorophylle a est mesurée. Cette couche donne la valeur de l'indice IBD et EQR (normé) à une station pour une campagne.

Les macrophytes sont un ensemble de plantes aquatiques. Elles se situent à la base de la chaine alimentaire et peuvent fournir un habitat à de nombreuses autres espèces. L’abondance relative des différentes espèces permet de calculer un indice de qualité du milieu (IBMR). Dans le cadre de l'observatoire Sélune ont été disposées des stations pilotes le long du cours principal de la Sélune, réparties de l’amont à l’aval des barrages hydroélectriques. Trois stations se situent dans les anciennes retenues des barrages, les deux autres, dites de référence, sont hors zone d'influence des anciens barrages (l'une étant en aval et l'autre en amont). Dans ces stations, les biocénoses aquatiques (incluant macroinvertébrés benthiques, biofilms, macrophytes...) sont suivies. Les paramètres suivis sont la composition spécifique et le recouvrement, sur 8 stations du cours principal situées à l’amont, à l’aval et sur les zones néo-lotiques des communautés de macrophytes. La fréquence du suivi consiste en une campagne annuelle pour les stations hors retenues (S0, S1 et S5) et deux campagnes annuelles (printemps/automne) pour les stations néo-lotiques (S2, S3.4, S4.1 et S6). Le protocole mis en œuvre est le protocole d’échantillonnage des macrophytes et bryophytes suivant la norme NF T90-395 (octobre 2003) qui définit l’IBMR. Les taxa sont prélevés pour être identifiés en laboratoire. Cette couche donne la valeur de l'indice IBMR et EQR (normé) à une station pour une campagne ainsi que les informations concernant la robustesse de cet indice, les quantités de taxons utilisés pour le calcul de ces indices mais également des informations en terme de proportion de grands groupes floristiques (heterotrophes, algues, bryophytes, pteridophytes, helophytes, phanerogrames, végétation flottante et végétation immergée).

Dans le cadre de l'observatoire Sélune ont été disposées des stations pilotes le long du cours principal de la Sélune, réparties de l’amont à l’aval des barrages hydroélectriques. Trois stations se situent dans les anciennes retenues des barrages, les deux autres, dites de référence, sont hors zone d'influence des anciens barrages (l'une étant en aval et l'autre en amont). Dans ces stations, les biocénoses aquatiques (incluant macroinvertébrés benthiques, biofilms, macrophytes...) sont suivies. Les paramètres suivis sont la composition spécifique et le recouvrement, sur 8 stations du cours principal situées à l’amont, à l’aval et sur les zones néo-lotiques des communautés de macrophytes. La fréquence du suivi consiste en une campagne annuelle pour les stations hors retenues (S0, S1 et S5) et deux campagnes annuelles (printemps/automne) pour les stations néo-lotiques (S2, S3.4, S4.1 et S6). Le protocole mis en œuvre est le protocole d’échantillonnage des macrophytes et bryophytes suivant la norme NF T90-395 (octobre 2003) qui définit l’IBMR. Les taxa sont prélevés pour être identifiés en laboratoire. Cette couche donne La détermination des taxons s'appuie sur la version v17 de la référence TAXREF. Le jeu de données est actuellement sous embargo.